農產品質量內控管理系統工作主要包括：按照國家或者相關的行業標準的要求對農產品質量安全進行評價鑒定檢驗，對農產品生產條件認定的對現有農產品進行監督抽查檢驗，對農產品質量進行安全預警，對由于結果分布分析評價，匯總冰編制統計報表等，同時給各級監管部門提供準確、科學、客觀的質量檢測數據。
1 基礎信息
1.1、 計量單位維護
用戶可以根據自己的權限范圍查看，添加，修改刪除計量單位的數據。便于用戶對基本信息的監督、維護和管理。
1.2、 檢測方法維護
檢測方法維護是指用戶把自己單位用到的檢測方法的信息進行記錄，如果方法有變，方便及時修改刪除添加。
1.3、 違禁品目管理
建立我區投入品違禁品目庫和限用投入品目錄庫。
1.4、 標準品目管理
按國家和行業規定，建立我區允許銷售和使用的投入品標準品目錄庫。
1.5、 檢測項目維護
檢測項目維護是指用戶根據自己項目的信息進行記錄和維護，如果項目內容有變，方便及時修改刪除添加。
2 企業檔案管理
2.1、農資企業信息
生產企業的模塊提供了生產企業的名稱，地址，郵箱等諸多信息。用戶可根據企業的所在地對該生產企業進行維護。用戶可對生產企業信息的進行增加、刪除、修改等操作。用戶還可對查詢的數據進行詳細查看。2.2、農產品企業信息
農產品企業信息版塊提供了農資商店的名稱，地址，郵箱等諸多信息。用戶可根據農資商店的所在地對該被檢企業進行維護。用戶可對企業信息的進行增加、刪除、修改等操作。用戶還可對查詢的數據進行詳細查看。
3 企業納入系統管理
3.1、審核注冊企業
審核企業注冊會員的提交信息。提供了農資企業會員和農產品企業會員，還根據地區區分了申請會員的企業所在的省縣。方便管理員進行維護。
4 電子地圖
4.1、企業分布圖
該版塊提供了用戶的類型，選擇農資或農產品。下拉框的內容是選擇地區的哪些企業。選擇完企業以后地圖就會顯示企業所在的位置。便于監控。
5 社會公示管理
5.1、信息發布
各種公示公告的操作，企業可市場變化改變發布的內容和模式。對信息類別進行分類。首頁的信息數據既是根據添加的分類顯示的。用戶可以通過修改，查詢等功能管理。6 系統管理
6.1、用戶管理
用戶管理在用戶管理中添加相應的用戶，選擇用戶的管轄區域時，用戶可以查看此管轄區域下屬的所有地區。
6.2、檢測單位維護
食品安全綜合監管系統平臺合理的劃分區域進行管理，
不同區域不同的監管模式和監管數據，靈活方便的劃分省市縣級別，為監管部門更清晰的監管所管轄地區。
6.3、數據字段
數據字段版塊把系統重復用到的字段信息封裝到這里，如樣品類型即農藥、化肥、水果等等信息的維護。可擴展性強。便于維護。